Отчет должен содержать результаты и их обсуждение

Отчет должен содержать результаты и их обсуждение.
Результаты
Полученные вами графики, характеризующие траектории (1) изолированного белка; (2) белка в комплексе с лигандом. А именно:

Изменение среднего квадратичного отклонения от исходной структуры во времени
Флуктуации каждого атома – среднее квадратичное отклонение атома от среднего положения
Изменение числа водородных связей между лигандом и белков во времени
Изменение поверхности белка/комплекса во времени с указанием гидрфобной и гидофильной составляющих
Изменение потенциальной энергии и температуры системы во времени

В обсуждении результатов обратите внимание на следующие обстоятельства:

- Наступила ли релаксация структуры белка,комплекса (об этом свидетельствует выход графика rmsd – п.1 – на плато)

- Подвижность петель белка и лиганда (о подвижности участка полипептидной цепи свидетельствует большая флюктуация каждого из атомов этого участка – п.2)

- Колебание числа водородных связей между белком и лигандом. Есть ли тенденция к оптимизации комплекса, судя по водородным связям.

- Происходит ли оптимизация сольватации белка/комплекса, судя по уменьшению гидрофобной поверхности.

- Является ли конформация белка/комплекса в кристалле оптимальной и для того же белка,комплекса в растворе (об этом свидетельствует отсутствие уменьшения потенциальной энергии во времени)

- Изменяется ли температура системы и что это значит

- Различия в динамике изолированного белка и комплекса

- Любые другие, замеченные вами, особенности динамики