Хотя внешне синагоги отличаются друг от друга, в основе их внутреннего устройства лежит конструкция Храма, который в свою очередь повторял устройство Скинии, построенной евреями в пустыне. Это было огороженное прямоугольное пространство. Внутри находился умывальник, где священнослужители омывали руки и ноги перед началом службы, и жертвенник для жертвоприношения животных. Вслед за этим располагалось нечто вроде шатра, называемого Святилищем. Туда могли входить только священнослужители. В глубине Святилища, скрытая особым занавесом (парохет), находилась Святая святых. Там стоял Ковчег Завета, содержавший Скрижали Завета с высеченными на них Десятью Заповедями. Когда царь Соломон построил Храм, он воспроизвел устройство Скинии, добавив прилегающий двор, где могли молиться женщины.
Синагоги строятся так, что их фасад всегда обращён к Израилю, по возможности, к Иерусалиму, где стоял Храм (для европейских синагог это означает ориентацию на восток). Во всяком случае, стена, у которой стоит арон кодеш (шкаф, в котором хранятся свитки Торы), всегда направлена в сторону Иерусалима, и в любом месте земного шара еврей молится, обратясь лицом к нему.
По правилам необхоимо стремиться к тому, чтобы синагога располагалась на самом высоком месте в городе. Синагога имеет обычно прямоугольную форму, для мужчин и женщин есть раздельные помещения (это может быть балкон, боковой или задний придел). У входа помещается раковина, где можно помыть руки перед молитвой. В той части синагоги, которая соответствует местоположению Святилища в Храме, устанавливается большой шкаф (иногда в нише), покрытый занавесом, называемым парохет. Такой шкаф называется синагогальным ковчегом (арон кодеш) и соответствует Ковчегу Завета в Храме, в котором хранились скрижали с Десятью Заповедями. В шкафу находятся свитки Торы — самое священное достояние синагоги. В центре синагоги находится возвышение, называемое бима или алмемар. С этого возвышения читается Тора, на нём установлен стол для свитка. Это напоминает помост, с которого в Храме читали Тору.
Над ковчегом располагается нер тамид — «неугасимый светильник». Он горит всегда, символизируя Менору, масляный светильник Храма. В меноре было семь фитилей, один из которых горел постоянно, как сказано: «возжигать вечный огонь перед скрижалями…» Рядом с нер тамид помещается обычно каменная плита или бронзовая доска, с выгравированными на ней Десятью Заповедями.
«
Новая синагога» (Neue Synagoge), Берлин
Время молитв в синагоге совпадает со временем ежедневных жертвоприношений в Храме, тем не менее, молитва не является заменой жертвоприношения. В отличие от православной церкви, синагога не является храмом, а лишь помещением для общественной молитвы. Еврейский Храм может быть построен только на одном месте — на Храмовой горе в Иерусалиме.
В эпоху Второго Храма функцией синагоги было поддержание тесной связи между евреями, где бы они ни жили, и Храмом в Иерусалиме, никак, разумеется, с Храмом не конкурируя. После разрушения Храма синагога призвана возрождать во всех еврейских общинах дух Храма.
Функции синагоги очень широки. Часто при синагогах имеются школы, в которых дети и подростки изучают Тору. Талмуд рассказывает, что в Иерусалиме было 480 синагог и при каждой две школы — начальная (бет-сефер) и средняя (бет-талмуд). В бет-сефер преподавали Писание, а в бет-талмуд — Мишну. По традиции синагоги обеспечивают общину библиотекой. Считается весьма благочестивым делом купить для такой библиотеки книги. В любой синагоге можно найти Пятикнижие с комментариями, Мишну, Талмуд, сотни, а иногда и тысячи других книг. Любой член общины вправе пользоваться ими. В синагоге проводят празднование обрезания (Брит Мила), совершеннолетия (Бар Мицва), выкуп первенца и другие религиозные обряды. Также в синагоге может заседать бейт-дин — местный религиозный суд.
Синагоги абсолютно независимы. Любая группа верующих может организовать синагогу. Для управления синагогой верующие сами выбирают руководителей. Правление синагоги распоряжается средствами для помощи нуждающимся, устраивает на ночлег приезжих и т. д.
Синагогальная служба
Новые формы богослужения в синагогах основывались на концепциях, развившихся из храмовой службы и благодаря Храму они стали частью религиозной жизни еврейского народа.
Синагога находилась в храмовом дворе, а молитвы и чтение Торы были частью храмовой службы. Многие храмовые ритуалы, как например, биркат-коханим, помахивание лулавом в праздник Суккот, трубление в шофар и другие, пришли в синагогальную службу из храмового ритуала и получили распространение в синагогах в Земле Израиля и в диаспоре ещё в период существования Храма.
С течением времени к изучению Торы было добавлено также чтение Торы в Храме. В субботу и в праздники Синедрион собирался в Храме в качестве бет-мидраша; в храмовом дворе законоучители преподавали народу законы Торы. Хранившиеся в Храме древние списки Священного Писания и произведения национальной исторической литературы были эталоном канонического текста, и по просьбе общин диаспоры храмовые писцы делали для них копии с этих книг.
Несмотря на развитие новых форм богопочитания, в народном сознании Храм продолжал оставаться местопребыванием Шхины и единственным местом жертвоприношения Богу. Путём храмового жертвоприношения и сопровождающего его очищения искуплялись прегрешения как частных лиц, так и всего народа, что способствовало духовному очищению и моральному совершенствованию Израиля. Храмовый культ рассматривался как источник благословения не только для евреев, но и для всех народов мира. После разрушения Храма синагога призвана возрождать во всех еврейских общинах дух Храма.